Trường Trung học cơ sở Phước Nguyên thành lập từ năm học 2000-2001 theo QĐ số 765/QĐ/UBH ngày 21/8/2000 của UBND Thị Xã Bà Rịa. Từ một ngôi trường mới thành lập với nhiều khó khăn trong quản lý, trong việc xây dựng và nâng cao hiệu quả đào tạo,  đến nay được sự quan tâm đầu tư của UBND Thị Xã Bà Rịa trường đã có một cơ sở khang trang, sạch đẹp, đuợc công nhận Trường THCS đạt chuẩn Quốc gia giai đoạn 2004-2010 theo QĐ số 1697/QĐ-UB ngày 01/6/2005 của UBND Tỉnh…